Rail Baltica projekta īstenošanā ir radušās nopietnas problēmas, kas izsaukusi plašu sabiedrības un politiķu uzmanību. Premjere Evika Siliņa rosinājusi divu dienesta pārbaudes uzsākšanu, lai vērtētu projekta gaitu un izdevumus, kas, pēc viņas sacītā, ir milzīgi. Deputāti un koalīcijas partneri kritizējusi informācijas slēpšanu un aicinājuši palielināt caurskatāmību šajā projektā. Tika izteikti pārmetumi par līdzekļu nepietiekamību un komunikācijas trūkumu saistībā ar projekta attīstību, ar aicinājumiem veikt būtiskas izmaiņas un skaidri norādīt atbildību. Arī Eiropas finansējums šim projektam tiek apliecināts, tomēr pastāv bažas par tā realizācijas efektivitāti un nākotni.